工伤认定公司不配合的，员工或者其直系亲属、工会组织可以申请工伤认定。

一、工伤认定申请怎么提出

工伤认定申请既可由用人单位提出，也可由工伤职工或者其直系亲属、工会组织提出。申请人不同，申请的先后顺序也不同。用人单位应当自事故发生之日或者被诊断鉴定为职业病之日起三十日内提出，遇有特殊情况，经劳动保障部门同意，可以适当延长。用人单位未按上述规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其直系亲属、工会组织才可以提出。但是提出时间从事故发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起不得超过一年。

二、工伤认定的时间是多久？

用人单位须在事故发生之日起30日内，向统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请；用人单位没有依法为员工申请工伤认定的，劳动者或其直系亲属、工会组织可以在事故发生之日起1年内向劳动保障行政部门申请工伤认定。

三、交通事故工伤如何认定

交通事故工伤的认定：

1、规定的上下班时间；

2、上下班必经路线；

3、无本人责任或非本人责任；

4、机动车事故。上诉必须同时具备，缺一不可。

还需要注意的是申请时限：

1、用人单位必须从事故发生之日起30日内向统筹区劳动保障行政部门申请工伤认定；

2、用人单位未依法为员工申请工伤认定的，劳动者或者其直系亲属、工会组织可以自事故发生之日起1年内向劳动保障行政部门申请工伤认定。