部门领导私自罚钱不合法可以向当地劳动监察大队或当地政府部门举报要求对该领导的行为予以处理；也可以通过劳动仲裁的方式要求退回。能否罚款决定于公司的规章制度，规章制度是否合法有效决定于：1.是否经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。2.用人单位是否公示，或者告知劳动者。

一、因为档案问题被单位克扣工资是否合法

因档案问题被单位克扣工资不合法。工资应按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。被克扣工资的劳动者可向劳动监察大队举报；只有劳动者违反用人单位的规章制度，且用人单位已依法在规章制度中明确扣除工资的要求标准并已率先进行公开公示告知员工可视作合理，同时所扣工资必须少于劳动者当月工资的20%。

二、侵犯劳动合同的谁可以依法要求

工会。企业职工一方与用人单位通过平等协商，可以就劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利等事项订立集体合同。集体合同草案应当提交职工代表大会或者全体职工讨论通过。人单位违反集体合同，侵犯职工劳动权益的，工会可以依法要求用人单位承担责任。