1、擅自离职会有的法律后果：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。

2、法律依据：《中华人民共和国劳动法》

第九十条劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。

《工资支付暂行规定》

第十六条

因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

一、擅自离职会怎样

1、解除劳动合同或者违反劳动合同中约定的保密事项，对用人单位造成经济损失的，应当依法承担赔偿责任；

2、劳动者违反规定或劳动合同的约定解除劳动合同，对用人单位造成损失的，劳动者应赔偿用人单位下列损失：用人单位招收录用其所支付的费用；用人单位为其支付的培训费用，双方另有约定的按约定办理；对生产、经营和工作造成的直接经济损失；劳动合同约定的其他赔偿费用。

3、擅自离职的，用人单位没有办理人事关系和档案的调转手续。职工离职后人事关系和档案长期滞留在原用人单位，会造成职工在新的工作单位不能办理正常的录用手续，拿不到包括档案在内的个人材料，也不能缴纳劳动保险。

用人单位以胁迫、欺诈等手段剥夺员工的劳动成果或者是劳动合同违法法律的规定，劳动者可不提前告知用人单位而自行离职。但劳动者自行离职时用人单位无过错且给单位带来损失的，劳动者应当予以补偿。