特许经营权使用费条例与其它特许经营法规明显不同之处在于规定了特许经营者要交特许经营权使用费(使用费)，明确了特许经营权的使用不是无偿的。但条例并没有说明使用费的计算方法和依据，律师认为这会造成实践中的不同解读。以TOT项目为例，现在很多实践操作中的项目是政府先将项目资产转让给了特许经营者，政府收取的所有价款中只有项目资产的转让价款，再无偿授予特许经营权。现在根据条例，此类项目政府有权力收取除资产转让价款外的使用费，这加大了投资者的投资成本，特许经营者要通过特许经营来收回使用费及使用费的正常利润，这部分使用费及其正常利润同样要由购买公共服务的老百姓来支付，因此使用费的征收也变相增加了老百姓的负担。当然，另一种使用费政策的解读是项目资产的转让价款就是使用费，因此政府仅从特许经营者处收取资产转让价款即可。两种解读方式的内容有较大差异，容易造成实际操作中的模糊或矛盾。