劳动仲裁申请主体错误的，劳动仲裁机构应该不予受理案件，并且告知当事人。如果已经受理并且作出裁决的，当事人可以申请撤销裁决。

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》

第二十九条劳动争议仲裁委员会收到仲裁申请之日起五日内，认为符合受理条件的，应当受理，并通知申请人；认为不符合受理条件的，应当书面通知申请人不予受理，并说明理由。对劳动争议仲裁委员会不予受理或者逾期未作出决定的，申请人可以就该劳动争议事项向人民法院提起诉讼。

第四十九条用人单位有证据证明本法第四十七条规定的仲裁裁决有下列情形之一，可以自收到仲裁裁决书之日起三十日内向劳动争议仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销裁决：

(一)适用法律、法规确有错误的；

(二)劳动争议仲裁委员会无管辖权的；

(三)违反法定程序的；

(四)裁决所根据的证据是伪造的；

(五)对方当事人隐瞒了足以影响公正裁决的证据的；

(六)仲裁员在仲裁该案时有索贿受贿、徇私舞弊、枉法裁决行为的。

人民法院经组成合议庭审查核实裁决有前款规定情形之一的，应当裁定撤销。

仲裁裁决被人民法院裁定撤销的，当事人可以自收到裁定书之日起十五日内就该劳动争议事项向人民法院提起诉讼。

一、企业申请劳动仲裁提交哪些材料

1、申诉书

申诉人应当按照规定如实准确填写《申诉书》，《申诉书》一式三份，其中两份由申诉人本人或其委托代理人提交仲裁委，一份由申诉人留存；

2、身份证明

申诉人是用人单位的，提交本单位营业执照副本及复印件、本单位法定代表人身份证明、委托代理人身份证明、授权委托书等；

3、能够证明与被诉人之间存在劳动关系的有关材料

如劳动合同(聘用合同或协议)、解除或终止合同通知书、工资单(条)、社会保险缴费证明等材料及复印件；

4、其他材料

申诉人在申请劳动仲裁时，仲裁委根据立案审查的需要，要求申诉人提交能够证明被诉人身份的有关材料的，申诉人应当提交。如被诉人是用人单位的，应当提交其工商注册登记相关情况的证明(包括单位名称、法定代表人、住所地、经营地等情况)。