计算土地增值税的公式为：应纳土地增值税=增值额×税率。公式中的增值额为纳税人转让房地产所取得的收入减除扣除项目金额后的余额。

纳税人转让房地产所取得的收入，包括货币收入、实物收入和其他收入。计算增值额的扣除项目：

1、取得土地使用权所支付的金额；

2、开发土地的成本、费用；

3、新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格；

4、与转让房地产有关的税金；

5、财政部规定的其他扣除项目。

一、土地增值税税率

土地增值税实行四级超率累进税率：

1、增值额未超过扣除项目金额50%的部分，税率为30%。

2、增值额超过扣除项目金额50%、未超过扣除项目金额100%的部分，税率为40%。

3、增值额超过扣除项目金额100%、未超过扣除项目金额200%的部分，税率为50%。

4、增值额超过扣除项目金额200%的部分，税率为60%。

上面所列四级超率累进税率，每级增值额未超过扣除项目金额的比例，均包括本比例数。

二、预征和清缴的土地增值税

清缴的时候多退少补，跟增值税及附加也是一样的，补是肯定要补的，退却不一定。很多时候根本就退不了。

预征土地增值税=（销售回款-预缴的增值税）×预征率

收到回款的次月就要申报。

预缴增值税的计算公式：

预缴的增值税=预收款/（1+适用税率或征收率）*3%

简易征收方法是销售回款/(1+5%)*3%

一般征收方法是销售回款/(1+10%)*3%

那么土地增值税的预征率是多少各地要求是不一样的，分不同业态，一般来说普通住宅2%，非普通住宅3%，有些地区还要分别墅、商业，这些预征率更高。