1、签约主体的合法，一般回迁协议上的回迁安置人是可以处置房产的所有权人，在签署回迁房购买协议时必须确定卖方是回迁协议上的被安置主体;

2、在签署购房协议时支付的是预付款还是定金还是全部房款?一般情况建议购房者最好签订定金合同，如果购房人需要交纳20%以上的预付款的，应尽量减少预付款的比例，可以设置“待开发商竣工验收后或者业主办理房产证后再行支付百分之几十的预付款”条款，还可以加上高额的违约金来保护自己，比如在业主办理房产证或者符合办理房产证的条件后3日内如不能对购房人办理房屋产权过户手续，延期一日缴纳房屋总价的0.5%作为延期履行违约金。当然如果觉得回迁房遥遥无期不一定能等待或者将来有可能违约，一定要增加对自己保护的条款，比如“截至2013年12月31日，若开发商仍未竣工交付或者业主尚未办理房产证的，该等预付款应由业主退还购房人，并加收人民银行同期贷款利率下的利息”。

3、尽量避免在签署协议时将房款全款付清，建议留一定的尾款，待成功办理房产证过户后付清;

4、由于双方签署协议时，房屋尚未具备过户条件，因此卖方往往会因为市场价格的变动，存在一房二卖的情况，在购房协议中必须约定好高于市场预期价格变动的违约金，防止卖方一房二卖，导致事实上的履约不能。

5、在过户时通常会产生一些税费，一般卖方比买方承担的税费要多，在此种情况下可以在协议上约定，过户产生的税费由买卖双方各自承担等条款，同时约定违约条款，避免卖方在过户时拒绝承担过户税费而导致不能顺利完成过户手续。

6、由于开发时间比较长，回迁安置房在签署购房协议后，可能会发生一些意外事件，导致卖方主体身份的变化，比如因为诉讼、继承等原因造成卖方的主体资格不合法或合法主体发生了变更，买方只能凭借购房协议请求卖方履行债权偿还义务，因此在购房时，最好能让卖方提供一定数额的履约担保。