虽然《行政诉讼法》规定人民法院审理行政案件不适用调解，但在理论上行政诉讼协调制度也不乏有其依据。

第一、行政合同诉讼和行政赔偿诉讼案件，允许对当事人的纠纷进行调解是法律规定的;

第二、行政机关在行政裁量权限范围内，适当减轻处罚或作出让步并不损害国家利益、公共利益或者违背法律;

第三、行政诉讼的目的是要解决纠纷的定纷止争效果，而协调无疑是一种解决纠纷的有效手段。

由于单纯的行政判决难以达到彻底平息当事人的纠纷的效果，导致行政诉讼判决上诉和上访率较高。无论是撤销判决还是维持判决，均可能导致不利的后果。撤销行政机关具体行政行为的判决，可能导致有利害关系的第三人不服甚至上访申诉，行政机关出于行政管理的需要，可以重新作出行政行为，对重新作出的行政行为，相对人还可以再次提起行政诉讼，这样就增加了诉讼成本，浪费了司法资源。维持的判决，原告上诉的比率非常高，因此达不到彻底平息纠纷的目的。

从审判实践看，在行政诉讼中进行适当的协调，只要其过程和结果不违反法律，不侵害公共利益，有利于和谐稳定发展，就有构建和创设的现实必要。

一是从自由裁量权使用的角度看，行政诉讼协调的运用是审判实践的需要，能充分体现定纷止争和案结事了;

二是从监督行政行为的角度看，行政诉讼协调的运用是我国社会现实的需要;

三是从行政行为追求高效率和低成本的角度看，行政诉讼协调制度的建立是公正与效率的需要，也符合法院“公正与效率”这个主题。