1、依据民法典的规定，补充协议仲裁条款是对主合同的补充约定，所以补充协议约定的仲裁条款是适用主合同的。

2、法律规定：《中华人民共和国民法典》第五百一十条

合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。

一、补充协议和原合同有冲突吗

1、以补充协议为准。因为补充协议可以视为合同双方主体对合同的变更协商一致了，不过这个新的约定一定要明确约定，不能模棱两可。补充协议中一般都会在尾部写明“原合同与本补充协议不一致的，以补充协议为准。”

2、值得注意的是，原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。

3、合同补充协议的拟定需要注意几个必备信息：一是双方当事人的基本信息需全面具体；二是说明拟定补充协议的原因；三是协议补充的内容或变更的内容。