员工迟到扣工资是否合法用人单位的经营是有章可循的，被申请的员工必须严格遵守这一制度，否则将按规定处罚。根据雇主的一般规定，雇员决不允许迟到早退。有的用人单位会给予警告，有的用人单位会直接扣除工资，但无论如何，工资都是用员工来换取劳动的，用人单位原则上不能扣除工资，如果用人单位在规章制度中明确了迟到早退应当扣除工资，并将规章制度进行了公示和告知职工，那么迟到早退扣除工资当然是合法的，反之亦然，如果用人单位没有相关规章制度，或者没有公布相关规章制度并告知员工，那么以迟到早退为理由扣除工资是违法的

在实践中，很多用人单位在规章制度中赋予了自己对员工罚款的权利，这基本上是法律承认的。具体理由如下：

首先，法律既要保护劳动者的合法权益，又要保护企业和用人单位正常有效的劳动管理和企业管理。法律既要维护职工的合法权益，又要提高企业管理效率