目前有效的普通发票扣税凭证主要有三类，即农产品收购发票、农产品销售发票、通行费发票(不含财政票据)。

(一)农产品收购发票

农产品收购发票是由经核准从事农业产品收购业务的增值税一般纳税人，向农业生产者个人和非经营单位收购免税农业产品时开具用以抵扣进项税额的农产品收购发票。农产品收购发票由收购企业自行开具，可按照买价依13%的抵扣率计算抵扣进项税额。

农产品收购发票及纳税人开具的普通发票申报抵扣时，通过通用数据采集软件将抵扣信息采集后导入申报平台，实现抵扣税额的目的。

(二)农产品销售发票

农产品销售发票包含以下几类：

一般纳税人开具的农产品销售发票，是指农业生产企业中的一般纳税人开具的免税农产品销售发票;

小规模纳税人开具的农产品销售发票，是指小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票;

依法不须要办理税务登记的企事业单位和个人，偶然发生增值税应税行为，凭自产自销证明由销售方所在地主管国税机关代开增值税普通发票或通用机打发票。

需要注意的是，批发、零售纳税人享受免税政策后开具的普通发票不得作为计算抵扣进项税额的凭证。

(三)通行费发票

通行费，是指有关单位依法或者依规设立并收取的过路、过桥和过闸费用。

增值税一般纳税人支付的道路、桥、闸通行费，暂凭取得的通行费发票(不含财政票据，下同)上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣的进项税额：

高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷(1+3%)×3%

一级公路、二级公路、桥、闸通行费可抵扣进项税额=一级公路、二级公路、桥、闸通行费发票上注明的金额÷(1+5%)×5%

通行费申报抵扣时，将通过计算后得出的可抵扣税额，在增值税纳税申报表附表二的第8栏“其他”栏填报，并汇总到第4栏“其他扣税凭证”内申报抵扣。