扰乱单位秩序的处理主要包括治安管理处罚和刑事处罚两种方式。
1、治安管理处罚
根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第二十三条，扰乱机关、团体、企业、事业单位秩序，致使工作、生产、营业、医疗、教学、科研不能正常进行，尚未造成严重损失的，处警告或者二百元以下罚款；情节较重的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。对于扰乱单位秩序的行为，治安管理处罚必须以事实为依据，与违反治安管理行为的性质、情节以及社会危害程度相当。
2、刑事处罚
如果扰乱单位秩序的行为升级为聚众扰乱社会秩序，情节严重，致使工作、生产、营业和教学、科研、医疗无法进行，造成严重损失的，则可能构成聚众扰乱社会秩序罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百九十条，对首要分子，处三年以上七年以下有期徒刑；对其他积极参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。
此外，对于因民间纠纷引起的扰乱单位秩序行为，情节较轻的，公安机关可以调解处理。经公安机关调解，当事人达成协议的，不予处罚。经调解未达成协议或者达成协议后不履行的，公安机关应当依照《中华人民共和国治安管理处罚法》的规定对违反治安管理行为人给予处罚。