遇到员工擅自离职的，用人单位应当以书面形式送达通知书，限定员工在指定是时间内回公司上班，并提出如限期内不上班的处理措施。

当员工擅自离职达到可以辞退的标准时侯，用人单位应当将解除劳动关系的事宜公开，并以书面形式送达离职通知书给员工，通知其前来办理交接工作以及离职手续。

至于通知书的送达，用人单位应采取挂号信或EMS形式，将通知书送达至员工信息登记的住址、身份证地址，或者经济联系人地址，并保存好回执。送达日期，以签收日期为标准。若员工不签收，或邮寄信被退回，用人单位应当完好保留邮寄信，如有争议发生，至开庭时方才当仲裁员的面打开邮寄信，以证明用人单位履行了通知义务和用人单位解除劳动合同的意愿。必要时，用人单位可以在报纸上登声明，自通告之日起满30天视为送达。

另外，如果员工违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制的，造成用人单位损失的，用人单位可以申请仲裁，要求员工赔偿损失。如果用人单位为员工支付了培训费用，而员工未到期离开的，用人单位可以要求劳动者赔偿培训费。如果员工未与公司办理离职手续就到其他公司上班，造成原公司损失的(有实际数字证据)，公司可以要求员工赔偿损失。如果擅自离职，没有办完合法手续，出现相关劳动方面问题，劳动者需承担一部分责任，员工要离职法律程序，是维护自身权益的最好方式。

一、在公司自动离职后果是怎样的

在公司自动离职后果如下：

1、劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用；

2、保密义务的劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金；

3、公司有权依据规章制度对员工给予处分。对于员工自动离职，若给公司造成损失，可以要求其赔偿。

一、辞职离职的一般程序：

1、提前1个月提交辞职请求；

2、员工主管与辞职员工积极沟通；

3、辞职申请表经各级领导签署意见审批；

4、员工辞职申请获准，办理离职移交手续。

二、随时辞职的条件如下：

1、用人单位未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；

2、用人单位未及时足额支付劳动报酬的；

3、用人单位未依法为劳动者缴纳社会保险费的；

4、用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的。

综上所述，劳动者自动离职，是属于劳动者没有与企业协商，并且没有办理相应离职手续而擅自离职的行为。企业对擅自离职的，可以以旷工论处，情节严重的，可以以劳动者发生过失行为解除劳动合同。因此未经批准，擅自离职的，或停薪留职期满后1个月以内，本人既未要求回原单位工作，又未办理辞职手续的，均认定为无故旷工行为。