十一届三中全会后，我国农村进行了经济体制改革，推行了家庭承包责任制。集体通过与农户签订书面的土地承包经营合同，将土地的承包经营权下放给农户，而保留集体对土地的所有权。农村土地承包经营合同制度从根本上解决了我国农业生产中长期存在的按劳分配的难题，大大提高了农业劳动者的生产积极性，从而使家庭承包责任制成为农业生产的基本经营方式，成为党在农村的一项基本经济制度。

近年来随着改革开放的进一步深入，农村经济的迅速发展，城市化速度的加快，农村人多地少的矛盾日趋突出，特别是在中央鼓励农村经济发展的政策激励下，随着土地的收益显著提高，因农村土地承包经营合同产生的纠纷也越来越多，已经成为影响农村经济和社会稳定发展的重要因素。人民法院在处理这类纠纷时往往会遇到以下疑难问题。

一、合同性质的认定

如何对农村土地承包经营合同的性质进行定性，直接影响到处理该类合同纠纷时的法律适用，是适用民法典，或适用民法等。关于农村土地承包经营合同的性质，在学术界存在行政合同说、民事合同说二种不同的观点。行政合同说认为，农民通过与政府签订行政合同获得土地的使用权，在承包期限内获得一定的经营自主权，其收益直接与劳动成果挂钩，政府以行政合同代替行政命令或指令性计划，在农业领域国家管理的方式上，行政合同管理已经占据了主导地位。民事合同说认为，农地承包合同如同企业承包经营合同一样是平等主体间签订的双务、有偿、诺成合同。

其实，由于我国独特的社会制度，使的农村土地的所有权和适用权相分离的，这也使得农村土地承包经营合同成为一种前所未有的、非常特殊的合同，它既有民事合同的法律特征，也有行政合同的某些特征，而不是单纯的行政合同或民事合同。所以我们不能简单的从行政法或民法的角度来绝对法律的适用，而是应从合同双方的权利义务的具体构成上综合考虑、分析，进而选择适用法律。在这点上霍菲尔德的法律关系元形式理值得借鉴，该理论认为，对复杂的、非典型的法律关系进行分析的最好方法就是将其析分为若干最基本的法律关系，就像化学家对化合物进行的元素分析一样。一个法律主体和多个法律主体之间的关系可以化约为若干的法律关系的元形式。尽管该理论中的一些具体的法律概念暂时还很难融入我国的法律体系，但其中将法律关系中的权利看成是权利束-一组权利的集合的方法，具有普遍性，同样可以适用于对我国农村土地承包经营合同的法律分析，根据案件的不同，灵活、综合适用行政法律、法规和民事法律、法规。

二、合同主体资格的认定

农业承包经营合同是农村合作经济组织内部统一经营与分散经营两个层次之间，在确定生产经营管理，落实联产责任制，提取劳动成果方面形成的一种法律关系形式。农业承包经营合同一旦发生纠纷，主体资格的确认和责任承担便尤为关键。

合同双方发生纠纷时，合同一方当事人发包方必须明确。发包方若是乡（镇）经济管理委员会、乡（镇）经济联合社等，它代表合作经济组织，应有自己独立的财产，能以自己的名义对外享有权利承担义务，具备法人资格，可将其列为诉讼主体，并独立承担民事责任；发包方若是乡一级合作经济组织与乡政府合二为一，合作经济组织没有自己的机构、人员，甚至没有法人代表，属乡（镇）政府的一个职能部门，可以直接列乡（镇）政府作为诉讼主体，并承担民事责任；发包方若是村民委员会，而村民委员会大致分两种，一种是村委会同村经济合作组织为两块牌子一套人马”，一种是不设经济合作组织，村委会兼有经济合作组织和群众性自治组织两种职能。这两种村民委员会都具有经济管理职能，可直接列村民委员会为诉讼主体，并承担民事责任；发包方若是村经济合作组织，该组织行使经济管理职能，具有经济实体的特性，具备法人资格，可直接列村经济合作组织为诉讼主体，独自承担民事责任；发包方若是村民小组，它不是一级经济组织，而是村民委员会的分支机构，不具备法人资格，但村民小组被给予了土地所有权，它可以成为土地发包人，具有经济实体的特性，可独立承担民事责任，作为诉讼主体参加诉讼，因不具备法人资格，若无力清偿债务，可由村民委员会承担补充清偿责任。