商品房的房产证到底由谁办，具体操作流程如下：

一、买房人是申办法定义务人

《城市房地产开发经营管理条例》第三十三条规定：“预售商品房的购买人应当自商品房交付使用之日起90日内，办理土地使用权变更和房屋所有权登记手续;现售商品房的购买人应当自销售合同签订之日起90日内，办理土地使用权变更和房屋所有权登记手续。”根据该条例的规定，《城市房屋权属登记管理办法》和《城市商品房预售管理办法》均相应规定房屋权属登记由权利人(承购人)提出申请。因此，房屋买受人是申请办理房屋所有权证的法定义务人。当然，如果房屋买受人与开发商(出卖人)在购房合同中明确约定由开发商代为办理产权证，则开发商负有代为申请办理产权证的义务，开发商不履行该项办证义务时，依法应当承担违约责任。

二、开发商有协助义务

由于办理房屋产权证所需要的许多有关的证明文件均需要开发商提供，而且如果开发商欠缺该类文件没能办理初始登记的话，买受人的房屋产权证根本无法办理，因此，《城市房地产开发经营管理条例》还规定了“房地产开发企业应当协助商品房购买人办理土地使用权变更和房屋所有权登记手续，并提供必要的证明文件。”从而明确了开发商对买受人申请办理产权证负有的协助义务。《商品房销售管理办法》第三十四条进一步明确了该项协助义务，规定房地产开发企业“应当在商品房交付使用前按项目委托具有房产测绘资格的单位实施测绘，测绘结果报房地产行政主管部门审核后用于房屋权属登记”，并且“应当在商品房交付使用之日起60日内，将需要由其提供的办理房屋权属登记的资料报送房屋所在地房地产行政主管部门。”该办法还规定了开发商不履行该义务时应承担的接受警告、罚款和责令限期改正的行政责任。