土地使用证与实际不符应该及时到当地的土地资源部门进行情况说明，申请对于土地的重新审核并重新发放土地使用证。

农村土地确权确权原则：

第一条：承包面积小于实际面积的情况以实际面积为准。

测量时，承包面积小于实际种植面积的，应该本着尊重历史，尊重农民意愿，对农户承包在土地四至范围内面积进行测量，据实登记颁发证书，多出的面积不得强行收回。

第二条：已经占用得到补偿的原则上确权时扣减。

也就是说之前农户承包的土地已经被依法征用且得到了补偿，在本村确权登记工作中，一律从原承包地的面积中减除，不再确权登记。

第三条：无法复垦的承包地按照原用途和面积确权。

对因国家及地方修路占用的土地，在确权登记时按照原来的面积和用途确权登记，但对征用后多出的承包地应当确认有承包户，以免发生新的纠纷。

第四条：公益用地占用的分情况处理。

在村、组内因修建公路、学校、办公室等生产公益事业占用的承包地，已经办理征用手续并给予补偿的，不计算入承包地。未享受一次性补偿的，仍然按照原农村二轮承包面积确权登记。

第五条：在第二轮承包期间，村里动过土地的。

在这种情况下，应当本着尊重历史与现实的原则，通过村民或小组协商，形成决议，按照土地承包现状予以确权登记。

第六条：没有批准进行建设，改变用途的不予确权。

对于农户没有经过批准，自行在承包地上建房变成宅基地以及其他设施的，暂不登记，对获准建设房屋的不再列入确权登记范围。

《确定土地所有权和使用权的若干规定》第五十六条

土地所有权或使用权证明文件上的四至界线与实地一致，但实地面积与批准面积不一致的，按实地四至界线计算土地面积，确定土地的所有权或使用权。