民用航空器权利登记的申请程序如下：

1、权利人提出申请

(1)提交申请书原件一式三份。通过民航总局网站提交电子版申请(初次申请须向政策法规司申请用户名和密码)；

(2)按照不同权利登记申请应提交的材料清单，提交有关证明文件一式一份(不能立即提交有效文件的，可以先提交复印件，在10天内补齐全部有效文件)；

(3)提交文件清单一式一份，文件清单应注明证明文件为有效文件或复印件；

(4)一架航空器的不同权利同时办理登记申请时，重复的证明文件可以共用一份。

2、初审

(1)核对文件清单与提交的文件是否一致；

(2)初步审核申请表：申请表内容清晰、完整，签字手续齐备；国籍登记证已经适航部门确认盖章；如有商业秘密声明，保密范围应当合理，按照条例规定登记在权利登记证中的事项不得作为商业秘密；

(3)核对有关证明文件是否齐全完备。

3、出具收件清单

(1)在收齐全部有效文件的当天，经初步审核后，经办人在每份权利登记申请表上注明收件日期并签字，其中一份交权利申请人或其代办人；

(2)申请人在提交权利登记申请表后10个工作日内不能提交全部有效文件的，视为申请人放弃权利登记申请。

4、缴费

初审结束后，根据发改价格[2004]90号文件，收件人向申请人(或代办人)出具《民航行政事业性收费受理申请收款通知书》。申请人(或代办人)按照指定收款人信息汇款，向收款部门索取收据。