建设工程合同纠纷中有关工程款纠纷案件，在目前的司法实践中主要存在以下八大疑难问题：

1、对严重拖欠工程款的背景下，作为最底层的农民工工资如何保护;

2、一个项目先后签订几份合同即黑白合同，应以什么作为计价依据;

3、拖欠工程款应计取利息，利息应如何计取;

4、拖欠工程款可以顺延工期，凭什么可顺延，顺延应具备什么条件;

5、垫资是否违法，如何准确认定，应如何处理;

6、发包人迟迟不确认工程结算应以什么作为处理依据;

7、造价鉴定应如何把握，鉴定结论是否自然可作为判决依据;

8、审计报告和结算协议发生矛盾，应以何为准。