1、根据规定，合同需要备案的，以备案的合同为准，这是一般原则;但是如果备案的合同没有实际履行，而实际履行的合同中有违法利益，则价格以实际履行的合同为准，其余按照备案的合同约定，备案合同未约定的，而阴合同又有相关内容的按阴合同的约定执行。

2、如果签订的两份合同，按照规定，既不需要批准，也无须备案，则以实际履行的合同为准。有的法院判例则以时间在后的合同价为准。除非有证据证明前一份合同价是为规避纳税及骗取贷款等原因而签订的虚假价格。但是要特别注意是，这个举证责任是由提出异议方来承担的，也就是说，谁认为前一份合同是虚假的，谁就应当承担这个举证责任。在实践中，当事人签订黑白合同的行为自然是不被法律认可的，但在就合同的具体效力而言还是需要具体去分析的，毕竟任何人都不能平白无故的获得他人的财物。

一、主合同无效补充协议也无效吗

如果主合同已经实际履行，主合同及补充协议均有效。主合同尚未生效，补充协议内容可独立履行的，补充协议有效；不能独立履行的，效力待定。

主合同与补充合同的关系：主合同与补充合同一般不会同时产生，有一定的时间差，主合同成立时间在前，补充合同成立时间在后，这是补充合同产生的时间规律。所以，补充合同是主合同的从属合同，补充合同依附于主合同而成立，没有主合同，就不会产生补充合同，这是主合同与补充合同基本关系。当然，主合同因为有了补充合同，所以使得主合同原意更准确、更完善、更具有可操作性。在日常合同管理过程中，正因为有了补充合同这种特殊形式，所以能够保证双方履约顺利，合同纠纷减少。当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行，因为时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质，如果仍以主合同的原条款为准执行，那么就失去了补充合同存在的意义。

二、签拆迁协议有哪些注意事项

1、审查签订合同的主体是否合法

和我们签订拆迁协议的一定要是拆迁人，具有法人资格，否则合同的签订会因为主体不明确、主体没有承担法律责任的能力而面临无法履行的风险。

2、合同的主要条款内容要明确

很多被拆迁人都是第一次经历拆迁，在合同细节应当怎么约定没有经验，经常签订的合同内容不明确，导致以后的履行的过程中存在麻烦。拆迁协议里比较重要必须明确的内容有：

(1)补偿款的总金额及各项补偿内容的具体明细，如果存在厂房出租的情况，这个各项补偿内容的具体明细就尤为重要，这涉及到双方以后分割拆迁补偿款的份额确定。

(2)补偿款的支付时间及支付方式。

(3)安置房、安置土地的面积及具体位置、土地性质，因为地理位置决定了土地的区位价值，土地性质是住宅、工业还是商业也直接决定土地的价值，如果双方在合同中没有明确的约定，在实际履行中很容易产生纠纷。

(4)如果签订补充协议，补偿协议上的内容必须合法，与主合同条款不冲突，如果对主合同有重大改动，须明确约定以补偿协议约定为准。

3、约定违约责任

一般来说，拆迁人答应的补偿条件，尤其是落实到合同条款的补偿条件，基本上都能实现，但是什么事情都是有万一的，我们在签订合同的时候，也应该为可能出现的“万一”提前防备，那就是明确约定违约责任，从另外一个角度来说，也是从合同条款的角度去督促拆迁人今早的履行合同。

4、明确约定合同履行的程序

很多拆迁项目都要求合同签订后马上腾退房屋，在交房后支付拆迁补偿款，有的项目甚至是要求先腾退房屋，然后才把拆迁补偿合同交给被拆迁企业和支付拆迁补偿款。后一种合同的履行程序是有很大的隐患的。