公司清算有剩余财产的，分配剩余财产时不能设置优先，而是按股东出资比例，分配给股东。

《中华人民共和国公司法》

第一百八十六条【清算程序】清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。

公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。

清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。

一、公司清算怎样制订清算方案

(1)调查和清理公司财产。清算组在催告债权人申报债权的同时，应当调查和清理公司的财产。根据债权人的申请和调查清理的情况编制公司资产负债表、财产清单和债权、债务目录。应当指出的是，清算组在编制资产负债表时，不得将公司财产价值低估。

(2)制订清算方案。编制公司财务会计报告之后，清算组应当制订清算方案，提出收取债权和清偿债务的具体安排。

(3)提交股东会通过或者报主管机关确认。清算方案是公司清算的总方案。因此，股份有限公司的清算组应将清算方案提交股东大会通过。但是，有限责任公司的清算组成员是由股东组成的，所以，无须提交股东会另行通过。将清算方案提交有关主管机关确认的规定，适用于因违法而解散的清算公司。

(4)另外，如果公司清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单时，发现公司财产不足清偿债务的，清算组有责任立即向有管辖权的人民法院申请宣告破产。经人民法院裁定宣告破产后，清算组应当将清算事务移交人民法院。