恢复执行后，如何处理和解协议的已履行部分恢复执行后，应依法扣除和解协议的已履行部分。如果一方或相关方{认为人民法院的扣款行为违反本法规定的，可以依照民事诉讼法第二百二十五条的规定提出异议。

在执行程序中，双方当事人经平等协商，自愿就变更执行依据确定的权利义务，如标的物、决定权等达成协议根据生效的法律文书及其数额、履行期限和履行方式进行挖掘，使原执行程序不再继续进行。就其性质而言，执行和解应当属于民事处罚，它不仅是执行权人行使处罚权的结果，而且民事诉讼法规定的权利刑原则在执行程序中的具体体现

应该说，和解制度的实施在司法实践中具有重要意义：一是有利于执行申请人权利的顺利实现。虽然和解协议的履行一般是在债权人放弃某些权利并做出某些让步时达成的，但它不仅减轻了债务人的负担，而且促使债务人积极履行和解协议，因为一旦债务人不履行或不完全履行其义务，债权人可以申请恢复执行原生效的法律文书，其从和解协议中获得的利益不再存在；第二，有利于化解纠纷，缓和矛盾，促进社会和谐稳定。因为和解协议取决于双方的自觉执行，而不需要法院采取执行措施，这有助于减少双方的阻力，对改善双方关系，甚至促进双方未来的合作起到积极作用；第三，有利于人民法院降低执行成本，节约人力、物力、财力，符合诉讼经济原则