对于烟草查获烟丝案件，按照以下方式进行处理：涉烟刑事犯罪的违法所得，应当予以追缴；有使用价值的真品卷烟、烟丝、复烤烟叶、烟叶，在取得省级烟草质量检测机构的鉴定结论后，办案部门可以委托当地烟草专卖行政主管部门依法变价处理，变价款上缴国库等。

《中华人民共和国烟草专卖法》第三十九条

人民法院和处理违法案件的有关部门的工作人员私分没收的烟草制品，依照刑法有关规定追究刑事责任。

人民法院和处理违法案件的有关部门的工作人员购买没收的烟草制品的，责令退还，可以给予行政处分。