变更劳动合同的程序如下：

（1）及时向对方提出变更劳动合同的请求，即变更劳动合同的主体可以是企业或员工。无论哪一方要求变更劳动合同，都应及时向对方提出变更劳动合同的请求，并说明变更劳动合同的原因、内容和条件。（2）按时回复对方，即：，一方获悉另一方要求变更劳动合同后，应在另一方规定的期限内予以答复，不得忽视另一方提出的变更劳动合同的要求。（3）双方达成书面协议，即：，双方协商一致同意变更劳动合同内容后，应当就变更劳动合同达成书面协议。书面协议应明确变更的条款，并明确变更后劳动合同的生效日期。书面协议经双方签字盖章后生效，并报企业主管部门或上级劳动行政部门备案