交通事故案件中，被告申请重新鉴定的前提通常是基于对第一次鉴定意见的不认可，但鉴定意见系专业机构出具，要使该证据不被法院采信，被告方必须要有充分的证据予以证明，此时基于第一次鉴定系原告单方申请，被告方并未参与，程序上存在瑕疵，被告的相关权益并未得到保障，因此被告方有申请重新鉴定的权益，这可以看成是对被告举证权益的一种保护，因为重新鉴定是基于被告完成举证责任的需要，这好比对当事人无法收集的证据，可以申请法院调取一样。

根据谁主张谁举证的原则，举证更应当是当事人的义务，在保护当事人举证权利的前提下，当事人应当对其主张承担举证不利的后果。重新鉴定意见实则为申请方提交的证据，本案被告申请重新鉴定得出的鉴定意见并没有改变第一次鉴定意见，作为该证据的主张者即被告应当承担举证不利的后果，因此产生的费用自然应由其全部责任，此情形等同于原告自行鉴定未构成伤残等级时，产生的鉴定费用法院不予支持一样。

具体分析如下：第一、国务院《诉讼费用缴纳办法》规定谁主张谁负担的原则，决定由举证方支付的鉴定费用，仅仅指在诉讼过程中由举证方先垫付，如果最后确定责任在于哪方则人民法院在案件审结后在裁判书中确定由哪方最后支付。

第二、受害人的伤残鉴定行为是为了维护自身的合法利益，明确权利和责任，使诉讼顺利进行，其鉴定结果也与被告的违法行为有因果关系。当事人进行的是有根据、有必要的鉴定，由此支付的相关费用理应由加害人承担。

第三、败诉方承担诉讼费用是诉讼费用承担的一般原则。是对败诉方消耗司法资源的一种制裁，基于司法资源与诉讼费用相一致的原理，诉讼费用由败诉方承体现了法律的公平、公正。可以防止民事主体滥诉，减少和防止司法资源无味的浪费，维护国家主权和其经济利益。

综合以上意见，交通事故伤残鉴定费用是为了完成自己的举证责任，但是这种责任是由于被告的不法行为引起的，受害人的伤残是与加害人的行为有直接的因果关系，所以交通事故伤残鉴定费用应该由被告承担。