根据《国家税务总局关于调整新增企业所得税征管范围问题的通知》(国税发〔2008〕120号)规定：

“一、基本规定以2008年为基年，2008年底之前国家税务局、地方税务局各自管理的企业所得税纳税人不做调整。2009年起新增企业所得税纳税人中，应缴纳增值税的企业，其企业所得税由国家税务局管理;应缴纳营业税的企业，其企业所得税由地方税务局管理。……二、对若干具体问题的规定……

(二)2008年底之前已成立跨区经营汇总纳税企业，2009年起新设立的分支机构，其企业所得税的征管部门应与总机构企业所得税征管部门相一致;2009年起新增跨区经营汇总纳税企业，总机构按基本规定确定的原则划分征管归属，其分支机构企业所得税的管理部门也应与总机构企业所得税管理部门相一致。……(四)既缴纳增值税又缴纳营业税的企业，原则上按照其税务登记时自行申报的主营业务应缴纳的流转税税种确定征管归属;企业税务登记时无法确定主营业务的，一般以工商登记注明的第一项业务为准;一经确定，原则上不再调整。

(五)2009年起新增企业，是指按照《财政部、国家税务总局关于享受企业所得税优惠政策的新办企业认定标准的通知》(财税〔2006〕1号)及有关规定的新办企业认定标准成立的企业。”

请您参考上述文件规定。营业税改增值税不涉及企业所得税征管部门的变更，具体事宜建议您联系您单位的主管税务机关咨询确认。