可以单独提出申请行政赔偿的情况如下：

1、争议双方对行使职权行为的合法性没有争议，只是对行政赔偿问题达不成协议的。

2、行使职权的行为已经被复议机关确认为违法或已经被撤销、变更，但复议机关还没对行政赔偿问题作出裁决，或受害人对复议机关的赔偿裁决不服的。

3、行使职权的行为已被法院判决确认为违法，或已被法院判决撤销，判决生效后受害人提出赔偿请求的。

4、行使职权的行为为终局裁决机关所为，该行为的合法性已不得争议，受害人对于赔偿仍有异议的。

5、受害人对行政机关及其工作人员的事实行为提出赔偿请求，而无意对该行为的合法性提出异议的。