(一)管理层对内部控制认识不足。

中小企业的专业内部审计人员，在开展工作的过程中经常会遇到其他部门的冷遇和刁难，而陷入无法开展审计工作的窘境。究其根本原因，在于他们缺乏企业领导层的重视和支持，这是由于中小企业的高层一般都对内部审计缺乏基本的了解，意识不到内部审计对企业管理的重要性意义。甚至感性地认为企业效益与内部审计之间并不存在什么直接关联关系，甚至在一些中小企业经理看来，内部审计是削弱其权力的负面因素。即便是那些已经存在内部审计力量的企业，许多并非是认识到内部审计的重要性而主动为之，绝大多是为了应付政府和行业主管机构的检查而组建内部审计队伍。

(二)缺乏有效的内部审计环境。

出于种种主客观原因，我国中小企业普遍尚未建立健全现代企业制度，企业开展内部审计过程中，审计对象缺乏对内部审计的正确认识，大多消极应付，很少能够积极配合。在审计报告的编制过程中，内审人员既需要规避审计风险，从外部审计的视角监督企业经营管理决策，又需要处理企业内部的利益关系。这种有效内部审计环境的缺失，使得内部审计人员承受着来自各方的压力，经常陷入进入两难的境地。

(三)内部审计人员整体素质因素的影响。

中小企业内部审计人员整体素质偏低，已经是摆在许多企业面前一个不争的事实。从审计人员个人原因来看，由于他们绝大多数都是财会人员转行从事审计工作，并不具备基本审计专业理论知识水平，业务实际操作能力不足，专业素质较低。相当部分审计人员并未接受过系统的专业训练，缺乏足够的经营管理方面的知识与经验。而企业为这类审计人员并没有提供及时和必要的继续教育和培训的机会，导致审计人员更加缺乏现代审计专业知识和技能，以至于无法掌握电算化审计等现代审计的手段。此外，企业容易忽略审计人员职业道德的培养，使得个别审计人员缺乏基本职业操守、不遵守审计职业道德，所实施的审计行为不合理，不利于内部审计人员的整体素质的提高。

(四)内部审计管理制度不健全。

现代企业制度下的企业内部审计，在我国出现发展时间周期较短，因此到目前为止尚未发展形成一套完整统一的审计标准。从而导致了企业内部审计与政府审计以及社会行业审计的法规建设中存在较大的差异，造成中小企业内部审计无法可依，当内审人员碰到具体问题时感到无章可循，甚至无所适从。而且由于我国缺乏对内部审计工作的规范性指导，从而产生了诸多的问题，像是违纪等问题的定性定量，都难以准确的计量，进一步造成内部审计缺乏约束力。