1、原因不同。两者都是国家对行政机关及其工作人员在行政管理过程中损害公民、法人或者其他组织合法权益所采取的补救措施，但是，行政赔偿所针对的损害是行政机关及其工作人员的违法行为，而行政补偿针对的是合法行为。

2、范围不同。行政赔偿的范围小于行政补偿的范围。

3、程度不同。行政赔偿对公民、法人或者其他组织合法权益的补救程度不如行政补偿充分。

4、程序不同。行政补偿可能是在损害发生之前由行政机关与公民协商解决，也可能是在损害发生之后由行政机关与之协商解决。

行政赔偿只能发生在侵权行为发生之后，由行政机关与公民协商解决。行政补偿和行政赔偿都可以适用调解。

但是，公民因与行政机关对行政补偿不能达成协议而起诉的，适用一般的行政诉讼程序;与行政赔偿义务机关对行政赔偿不能达成协议而起诉的，适用行政侵权赔偿诉讼程序。

5、性质不同。行政赔偿性质上属于行政法律责任，而行政补偿性质上属于具体行政行为。

6、依据不同。行政补偿的法律依据是有关的单行的部门法律法规，而行政赔偿的法律依据是行政诉讼法和国家赔偿法。

一、行政赔偿起诉期限是多久

行政赔偿是指国家行政机关及其工作人员在行使职权的过程中侵犯公民、法人或其他组织的合法权益并造成损害，由国家承担赔偿责任的制度。最高法解释赔偿请求人单独提起行政赔偿诉讼，可以在向赔偿义务机关递交赔偿申请后的两个月届满之日起三个月内提出。赔偿请求人单独提起行政赔偿诉讼，应当符合下列条件：(1)原告具有请求资格;(2)有明确的被告;(3)有具体的赔偿请求和受损害的事实根据;(4)加害行为为具体行政行为的，该行为已被确认为违法;(5)赔偿义务机关已先行处理或超过法定期限不予处理;(6)属于人民法院行政赔偿诉讼的受案范围和受诉人民法院管辖;(7)符合法律规定的起诉期限。