环境行政公益诉讼制度将成为鼓励公民参与环境管理，加强对破坏环境的行政行为进行监督，减少因环境纠纷导致社会问题的重要手段。环境行政公益诉讼的建立，主要理论依据体现在以下两点：

1.环境法中的环境权理论认为，环境法律关系的主体拥有享有适宜环境的权利，也有保护环境的义务。具体而言，就是有在良好，健康的环境中生活的权利，有参与国家环境管理的权利，有在环境保护方面监督、检举、控告和诉讼的权利等。因此，公民的环境权利遭到行政行为侵犯的时候，不管是否为直接利害关系人，均有权提起诉讼，要求相关部门追究法律责任。环境权理论的兴起为环境行政公益诉讼制度的建立提供了理论基础。

2.我国宪法规定：“中华人民共和国的一切权力属于人民。人民依照法律规定，通过各种途径和形式管理国家事务，管理经济和文化事务，管理社会事务”。环境资源就其自然属性和作为人类生活所必需的要素来说，乃全体公民的共享资源和公共财产，任何人不能对其任意支配、占有和损害;国家是基于全体共有人的委托而行使管理权的，因而政府作为委托人有责任管理好这些财产。

当行政机关只注重本地的经济发展、财政收入的增加，而对日益恶化的环境污染和环境破坏现象漠然视之，行政机关在防治污染方面不依法履行职责时，任何公民、组织或国家特定机关均可提起环境行政公益诉讼，监督政府机关或法律、法规授权的组织依法履行其职责或管理环境的义务。

环境作为一种社会公共利益，与每个人的利益都息息相关，环境法是一种社会法，从社会法理的观点而言，环境公益诉讼制度以社会法思想为底蕴，具有社会法理基础。