存在工程非法转包的情况下，建设工程将涉及发包人、承包人和转承包人三方主体的关系，也涉及发包人与承包人之间签订的建设工程合同以及承包人与转承包人之间签订的工程转包合同两个合同关系，工程款结算也因此需要考虑以下三方面的关系。发包人与承包人之间的工程款结算：在以往一些司法实践中，有认为无效的转包合同不应影响双方签订的建设工程合同的效力，因此双方仍应按照合同约定进行工程款结算。但是，这种处理等于变相认可了承包人随意转包工程、破坏建筑市场秩序的行为，似有不妥。考虑到承包人非法转包工程违反了法律的强制性规定，且其事实上在合同签订后并没有任何实际的履约行为，其行为是违法行为同时也是违约行为，承包人要求发包人按合同约定计算工程价款缺乏事实和法律依据。承包人有权要求发包人支付其所支出的成本，而对于合同约定的工程价款中包含的管理费和利润等则属于非法利益，可以根据《建设工程施工合同司法解释》第4条的规定予以收缴。实践中，裁判机构也有根据案件的具体情况作出不同的处理，按照实际施工人的资质等级据实结算工程款，但其裁判宗旨仍应符合“任何人不得从其违法行为中获利”的原则。