司法实践中通常按两者方式处理施工合同无效结算：一种是按照合同约定，一种是按照定额（习惯中的按实结算多指此种）。但是，反对按照合同约定结算者认为，因为合同整体无效，那么合同中约定的价格条款也必然无效，合同约定因合同无效被否定，因此不能以无效合同约定作为结算的标准，进而主张按照后者——定额结算。司法实践中，在施工合同整体无效的情况下，很多裁判者偏好按照定额委托第三方结算，有地方法院包括地方高院还规定，合同无效按照定额结算，再扣除利润、管理费等。

一、建设工程施工合同无效的情形

建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当根据民法典的规定，认定无效：

（一）承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的；

（二）没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的；

（三）建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的。

第二条建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。

二、建设工程合同无效能否申请鉴定

建设工程合同无效，但工程经竣工验收合格的，工程建设有效，如果产生工程争议的，可以申请鉴定。

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》

第二条建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。

第三条建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：

（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；

（二）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。

因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。

第二十二条当事人约定按照固定价结算工程价款，一方当事人请求对建设工程造价进行鉴定的，不予支持。

第二十三条当事人对部分案件事实有争议的，仅对有争议的事实进行鉴定，但争议事实范围不能确定，或者双方当事人请求对全部事实鉴定的除外。