员工与用人单位之间因保密协议发生的纠纷，属于劳动仲裁范围的，应当先申请劳动仲裁，对仲裁不服的，向法院起诉。如果是企业之间，或者是企业与非员工之间，保密协议之间的纠纷不属于劳动仲裁范围，属于一般民事纠纷，直接向法院起诉，劳动仲裁不予受理。

员工违反保密协议是否需要前置劳动仲裁

1、员工违反保密协议约定，用人单位主张违约金的，是劳动仲裁程序前置。对劳动仲裁结果不服，才能提起劳动诉讼。

2、《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》

第二条中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：

（一）因确认劳动关系发生的争议；

（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；

（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；

（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；

（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；

（六）法律、法规规定的其他劳动争议。

第五十条当事人对本法第四十七条规定以外的其他劳动争议案件的仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼；期满不起诉的，裁决书发生法律效力。

第五十一条当事人对发生法律效力的调解书、裁决书，应当依照规定的期限履行。一方当事人逾期不履行的，另一方当事人可以依照民事诉讼法的有关规定向人民法院申请执行。受理申请的人民法院应当依法执行。

第二条《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条

《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条