一、用人单位以劳动者违反规章制度为由进行罚款是否合法

1．《工资支付暂行规定》第十六条规定，劳动者因个人原因造成经济损失，单位可要求赔偿，且扣除工资不超过20％。

如果扣除后工资低于最低工资标准，需按此标准支付。

2．《中华人民共和国劳动法》第五十条及第九十一条也明确了工资支付的基本原则和克扣工资的法律后果。

因此，用人单位以违反规章制度为由罚款，需要在不违反上述法律规定的前提下实施。

二、解除劳动关系的法律依据

用人单位单方解除劳动关系是否合法，取决于《劳动合同法》第三十六条到第四十一条规定的具体情形。除了法定情况外，单方解除通常视为违法。要判断公司行为的合法性，需考虑：

1．员工手册内容与制定程序的合法性；

2．员工手册是否已向员工出示；

3．新制定手册是否获得员工认可。

只有满足这些条件，员工手册才具约束力，公司基于此做出的解除劳动关系决定才是合法的。

三、违纪行为的追诉时效

违纪行为不属于犯罪行为，因此不适用《中华人民共和国刑法》中关于追诉时效的规定。

追诉时效是针对刑事犯罪，而劳动纪律违规不在此列。

尽管如此，用人单位在处理违纪行为时仍需遵守合理的程序和时限，确保处理的合法性和公正性。

《中华人民共和国劳动合同法》（2012修正）：第四章　劳动合同的解除和终止　　第四十六条　【经济补偿】有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：\n（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；\n（二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；\n（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；\n（四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；\n（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的；\n（六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的；\n（七）法律、行政法规规定的其他情形。