保护小股东权益的的方法如下：

1、完善股东的知情权，对董事、监事的质询权，强制控股股东披露其与公司的关联交易的相关信息，使小股东能对其进行监督。

2、强化董事的义务与责任，规定董事不履行义务的救济措施，董事执行职务过程中故意、重大过失损害小股东权益应对小股东承担赔偿责任。

3、强化经理等高级管理人员的义务和责任，规定经理不履行维护小股东权益义务的救济措施。

应该怎样维护小股东权益

一）建立公司内部有效的权利制衡机制。

1、进一步强化监事会的权利，并赋予监事会在特殊情况下为保护公司利益可以采取的应对措施。

2、限制大股东的表决权。《公司法》规定，公司修改章程、增减注册资本、分立、合并、解散、或者变更公司形式，须经代表三分之二以上表决权的股东通过。

3、对董事会的经营权加以制约。

二）强化小股东在股东大会的提议权。

《公司法》第43条规定，代表四分之一以上表决权的股东，三分之一以上董事，或者监事，可以提议召开临时股东大会。

三）明确小股东的诉讼权力

1、扩大小股东的可诉范围

根据《公司法》第111条的规定，小股东在股东大会、董事会的决议违反法律、行政法规，侵犯股东合法权益的，小股东可以作为原告向法院起诉。

2、规定诉讼时效

《公司法》应就此增加诉讼时效之规定，具体时间以十五天为宜，因为公司决议效力的未决状态影响公司的运作。

3、调查权

当小股东有正当理由怀疑公司存在违反法律和章程的行为时，可以请求法院或主管部门调查公司的经营状况。

《公司法》第三十三条，股东有权查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告。

股东可以要求查阅公司会计账簿。股东要求查阅公司会计账簿的，应当向公司提出书面请求，说明目的。

公司有合理根据认为股东查阅会计账簿有不正当目的，可能损害公司合法利益的，可以拒绝提供查阅，并应当自股东提出书面请求之日起十五日内书面答复股东并说明理由。

公司拒绝提供查阅的，股东可以请求人民法院要求公司提供查阅。