特别约定的有法律效力。特别约定也是合同的一部分，首先它的法律效力与其他条款是相同的，有时候会出现一种矛盾，即特别条款和其他基本条款发生冲突，这个时候以特别约定为准，在这样的环境下，特别约定的效力高于普通条款。

一、合同补充条款的效力是怎么样的

合同补充条款与合同具有同等法律效力。合同是当事人或当事双方之间设立、变更、终止民事关系的协议。依法成立的合同，受法律保护。

当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。

时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

二、合同完了可以补充吗

合同签完可以补充。签订合同之后，发现内容还需补充的，经合同各方协商一致，可以拟定补充协议。补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，若补充协议条款与原合同不一致或者发生冲突时，应当以补充协议为准；但若原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款变更则不发生法律效力。

三、合同不完整有法律效应吗

缺少合同的主要条款。合同的主要条款，是指合同应当具备的条款，它决定合同的类型，确定当事人各方权利和义务，在有些情况下，欠缺主要条款，合同即不成立。也就是说，如果一份合同欠缺当事人名称或姓名、标的、质量或数量，则该合同不是一份完整的合同，可能导致合同没有法律效力。

缺少合同的普通条款。合同的普通条款不是合同所必须具备的条款，如果一份合同缺少价款、履行的期限、地点和方式、违约责任、解决争议的方法等内容，则不会影响合同的法律效力，该合同是有效的。一般来说，合同缺少普通条款，说明该合同属于瑕疵合同，应依据我国《民法典》的规定或当事人约定进行合同漏洞的填补。