部队经济适用房有房产证。部队经济适用房与地方经济适用房在性质上基本没区别，只不过是部队经济适用房涉及土地的管理权属于是总部房管局，而地方国有土地管理权是地方房地产管理局，因此部队经济适用房有产权。军队经济适用住房建设是国家经济适用住房建设的重要组成部分，且享受国家和当地经济适用住房建设有关优惠政策。部队经济适用房在办理军队房改售房屋所有权登记是按照相关规定收取登记费，需要重新勘测可收取相应测量费，不再收取其它费。

部队经济适用房的出售对象：

（一）根据有关规定可以购买经济适用住房的军队离休或是退休干部；

（二）有配偶在当地是有城镇户口或者军人的，而本人是接近服役最高年限或者没有保障的公寓房的在职军官、文职干部及高级士官；

（三）配偶是在当地有着城镇户口或是为军人的，而本人工龄已满15年的军队正式职工；

（四）自己是居住在公寓区的，且经核实确无其他住房的非在职人员。

《经济适用住房管理办法》第三十条经济适用住房购房人拥有有限产权。购买经济适用住房不满5年，不得直接上市交易，购房人因特殊原因确需转让经济适用住房的，由政府按照原价格并考虑折旧和物价水平等因素进行回购。购买经济适用住房满5年，购房人上市转让经济适用住房的，应按照届时同地段普通商品住房与经济适用住房差价的一定比例向政府交纳土地收益等相关价款，具体交纳比例由市、县人民政府确定，政府可优先回购；购房人也可以按照政府所定的标准向政府交纳土地收益等相关价款后，取得完全产权。上述规定应在经济适用住房购买合同中予以载明，并明确相关违约责任。