(一)按照《国有土地上房屋征收与补偿条例》中有关规定，进行企业所得税处理的应当是因政府行为而进行的政策性搬迁，因企业自身原因而进行的搬迁不得按照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定执行。搬迁企业取得的政策性搬迁收入应是从政府财政、土地部门直接取得的收入。对搬迁企业直接从取得土地使用权的企业取得的补偿，不属于《国有土地上房屋征收与补偿条例》中所称的政策性搬迁收入。企业因政策性搬迁而处置除土地使用权之外的其它资产取得的收入，企业所得税的处理可以按照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定执行。搬迁企业取得实物补偿的，以签订补偿协议时确定的公允价值确认收入。

(二)搬迁企业取得政策性搬迁收入或处置收入，可自政府搬迁公告、文件明确的搬迁期限开始之日的次年度起，五年内暂不并入应纳税所得额，五年期满的当年度，企业应将已实际取得的政策性搬迁收入或处置收入按照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定计入当期应纳税所得额。五年期满后，因同一搬迁行为再次取得的政策性搬迁收入或处置收入应一次性全额计入当期应纳税所得额。

(三)从搬迁收入或处置收入中扣除的项目限于以下五项：购建与搬迁前相同或类似性质用途或新的固定资产支出、购买土地使用权支出、其它固定资产改良支出、技术改造支出、安置职工支出。除此之外的其它支出，不得从中扣除。企业按照规定将因搬迁拆除的固定资产或其他资产报废的损失，或安置职工的其他支出已在企业所得税前扣除的，不得重复计入扣除。

(四)搬迁企业应自取得第一笔政策性搬迁收入或处置收入的年度纳税申报时，将政府搬迁文件、公告，原占有土地已进行招、拍、挂的文件，政府确定的政策性搬迁补偿收入总额以及实物补偿方案、政策性搬迁收入或处置收入、重置或改良固定资产、购买土地使用权、技术改造、购置其它固定资产、安置职工计划或立项报告等的收支预算，向其企业所得税的主管税务机关备案。

(五)五年期满的当年度，企业要将重置固定资产和土地使用权、购置其它固定资产、固定资产改良、进行技术改造、安置职工的实际支出计划、立项文件等资料，在企业所得税年度纳税申报时向主管税务机关申报。