出车祸老板扣司机工资是不合法的。如果车祸后因为身体原因是可以请事假或者病假的，在事假或者病假期间单位有权不予支付全额或者部分工资。但是单位无权扣除其他工资。换句话说，如无其他情形，正常工作期间应得的工资报酬单位应当全额发放。如果存在克扣的话，可以去劳动局投诉或者申请劳动仲裁。

《工资支付暂行规定》第十五条

用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；

（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；

（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；

（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。