员工擅自离职赔偿公司损失如下：

1、按照劳动合同的约定要求赔偿；

2、若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。经用人单位要求劳动者赔偿损失，应当从多方面考虑，劳动者是否存在违反规章制度、操作流程或应当遵守的劳动纪律、职业规范等职务侵权行为；损害与劳动者的违规行为是否有因果关系；劳动者是否有主观过错。

用人单位应当举证证明，承担相应的证明责任。但是由于劳动关系具有人身依附性，企业作为劳动成果的主要享受者，也应当承担一定的经营风险，一般情况下，劳动者的故意或重大过失给用人单位造成经济损失的，劳动者才负赔偿责任。

员工擅自离职是否要负违约责任

除员工擅自离职违反了服务期或者竞业限制的约定以外，一般不对公司承担违约责任。但员工违法解除劳动合同造成公司损失的，应当承担赔偿责任。劳动者提前三十日以书面形式通知公司，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知公司，可以解除劳动合同。

《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。