一、此种转让方式的优点

1、转让程序操作简单

以股权转让的方式转让土地使用权，其核心标志是股权的转让，只要转让双方签订股权转让协议，并且符合不同类型公司股权转让的限制，受让方即可实际参与土地的开发利用，即土地使用权实质上发生转移。

对于以公司股权转让的方式转让土地使用权，它的一般程序是：合作开发土地的当事人就以转让公司股权的方式转让土地使用权达成协议;最后股权转让的当事人签订《股权转让签订书》，进行公司股权变更的一系列登记、备案手续。

手续简单。收购项目公司，只要签订股权转让协议并按规定办理股权变更和工商变更登记即可通过控制公司的经营权来直接控制和管理整个项目。而土地使用权、项目或在建工程的转让涉及土地使用权过户及建设手续更名等手续，比较复杂。

由以上对比可以看出通过公司股权转让的方式转让土地使用权要简便许多。

2、转让方式具有保密性特点。

公司股东的变更，除依照法律规定必须公示的情况外，只要经过工商部门的变更登记即发生效力，无须第三方的认可。而土地使用权的一般转让必须经过申请、报批等手续;此外，如果所转让土地会产生债务，则需通知相关债务人清理债务。对于项目转让来说也需履行申请、报批、转让等程序。虽然有的股权受让方为了保险起见，对所受让的股权进行公告，告知相关债权人申报债权。这种公告在一定程序上会披露当事人之间的股权转让，但这种公布程序要比经政府部门批准的方式转让土地使用权小得多，因此以公司股权变更的方式转让土地所有权具有显而易见的保密性。

3、股权转让可以享受的税收优惠政策

(1)契税。契税是以所有权发生转移变动的不动产为征税对象，向产权承受人征收的一种财产税。根据财政部、国家税务总局2001年下发的《关于企业改革中有关契税政策的通知》中规定：企业在公司制改造中，对不改变投资主体的出资比例改建成的公司制企业承受原企业土地、房屋权属的，不征收契税。

(2)土地增值税。土地增值税是对有偿转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物而就其增值部分征收的一种税。根据国家财政部、国家税务总局1995年颁布的《关于土地增值税一些具体问题的通知》，其中规定：对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资的企业中时，暂免征收土地增值税。因此在房地产投资中以公司股权转让的方式转让土地使用权，是不需要缴纳土地增值税的。

(3)营业税。营业税是对有偿提供应税劳务、转让无形资产和销售不动产的单位和个人，就其营业收入额征收的一种税。我国《营业税暂行条例》和实施细则中规定：转让土地使用权必须交纳营业税，但如果以土地使用权入股的方式转让土地使用进行合作开发，享有利润的分配和承担投资法律风险，就无须交纳营业税。

综上所述，从财政部和国家税务总局的这些规定中可以看出，以公司股权转让的方式转让土地使用权享有免交部分税金的优惠，土地使用权、项目或在建工程的转让与项目公司股权转让相比，前者受让方必须多交相当于成交金额3%的契税和房地产交易中心的交易手续费0.5%，转让方也须承担转让的营业税的5%和土地增值税。税费节省。

4、项目开发速度加快。一旦股权转让手续获得有关部门的审批通过，在项目公司的名义下，投资者即可立即投入资金进行手续开发建设，无须再重新立项办理建设手续。

二、此种转让方式的缺陷

1、所转让土地原有权属、性质不宜确定

通过政府作为第三方介入土地使用权的转让，虽然会产生许多的手续，以及可能产生因政府干预使转让计划流产的可能，但是政府介入土地使用权最大的好处是可以使得转让土地的各项特征明晰化，其符合转让土地的一切特征，从而保障受让人的权益;而当事人之间以股权转让的方式转让土地使用权，土地使用权的实际受让方可能因为事先未调查清楚所受让方的土地是否具有瑕疵，而导致因为土地的瑕疵致使开发受阻、成本加大或计划流产的可能。

2、通过股权转让土地使用权，土地使用权的性质不必做变更，对受让人存在隐患。

土地使用权是指使用权人依法对国有土地享有的占有、使用和收益，并排斥他人干涉的权利。土地使用权依据法律规定经登记程序取得，产生对抗第三人之效力，属物权性质的使用权，其内容包含占有、使用、收益处分的权能。以股权转让的方式转让土地使用权，不会变更转让土地的机会和分享收益的可能，如果一旦开发流产，受让人是不能够直接以“土地使用权”价值补偿自己的损失的，而只能要求具有过错的合作方承担违约责任。

3、受让人获得股权的法律风险有多大，不易确定。

股权转让不仅仅是权利的转让，而且也是法律风险的承担，寻找一个良好的合作伙伴进行投资，当然是每一个开发企业的期望。但是房地产市场风云变换、鱼龙混杂，谁也不敢保证所合作开发的土地无任何瑕疵，而往往这些瑕疵具有的法律风险难以估量。对于衡量转让股权的法律风险，股权转让方至多会为股权受让方提供一份企业资产评估报告，但该评估报告的可信度具体有多大，值得商榷。首先评估报告是在一定的时间点上做出的，它代表的是企业过去的情况，而对于现在的企业状况却无法准确说明;其次评估报告是股权转让方委托评估机构做出的，该报告肯定会更多地反映股权转让方的观点。由此可见，股权的受让方在股权转让时要谨慎，不可盲目决断。

它存在优点的同时也存在着缺点。这种土地使用权的转让方式比较简便，同时也可以使得税收得到了一定程度的优惠，但同时，它也有缺点，投资者应根据投资时的具体情况来选择投资方式。