超过劳动仲裁时效但是没超过仲裁时效,可以通过诉讼程序；仲裁时效在没有特殊规定的情况下适用诉讼时效的规定。

一、确认劳动关系是否适用诉讼时效

按照《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》(法释[2001]14号)第三条的规定，劳动争议仲裁委员会以当事人申请仲裁的申请超过时效期间为由，作出不予受理的书面裁决、决定或者通知，当事人不服依法向人民法院起诉的，人民法院应当受理;对确已超过仲裁申请时效期限，又无不可抗力或者其他正当理由的，依法驳回其诉讼请求。劳动争议仲裁是劳动争议诉讼的前置和必经程序，上述规定在客观上已将劳动仲裁时效转化为诉讼时效。但是，如果仲裁委未对仲裁时效予以审查，或者当事人在仲裁阶段未提出时效抗辩，法院在诉讼中则不应将仲裁时效转化为诉讼时效，即法院审查的原则应为“以不审查作为常例，以审查作为例外”。反之，如果不将劳动争议的仲裁时效转化为劳动争议的诉讼时效，则会使仲裁前置程序、仲裁时效变得毫无意义，劳动仲裁形同虚设，法律对权利的保障成为无期限，也将会导致整个仲裁程序和诉讼制度的混乱。故此，劳动争议案件的诉讼时效与仲裁时效关联紧密，诉讼时效受仲裁时效的制约，诉讼时效寓于仲裁时效之中。

二、案件超过一年还能申请劳动仲裁时效吗

劳动争议案件超过一年的劳动仲裁时效不可以再申请仲裁。但劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受仲裁时效期间的限制。因不可抗力或者有其他正当理由仲裁时效中止的，从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。