医疗事故纠纷因果关系由医疗机构来举证，具体理由如下：

最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第4条第（8）项规定：“因医疗行为引起的侵权诉讼，由医疗机构就医疗行为与损害结果之间不存在因果关系及不存在医疗过错承担举证责任。”即因医疗行为引起的侵权诉讼，实行过错推定和因果关系推定。

1、实行因果关系推定，就意味着受害人在因果关系的要件上不必举证证明，而由法官实行推定。受害人只要证明自己在医院就医期间受到损害，就可以向法院起诉，不必证明医院的医疗行为与损害后果之间有因果关系。实行因果关系推定以后，如果医疗机构认为自己的医疗行为与受害人的损害事实之间没有因果关系，可以举证证明自己的主张。证明成立，推翻因果关系推定，免除医疗机构的责任；不能证明的，因果关系推定成立。

2、实行过错推定，受害人不承担证明医疗机构存在医疗过错的责任，法官直接推定医疗机构有过错。如果医疗机构主张自己无过错，则须自己举证证明。证明成立的，免除其责任；不能证明的，则过错推定成立。

医疗事故纠纷中患者和医院各承担哪些举证责任

医疗机构是指医院或经过卫生行政机关批准或承认的各级各类医疗卫生技术人员。在医疗行为引起的侵权诉讼中，医疗机构应当承担如下举证责任：

第一，病员的损害结果与医疗机构的医疗行为之间不存在因果关系。侵权责任中的因果关系是指违法行为与损害结果之间的因果关系。在多数案件中，医疗行为与病员损害之间的因果关系比较明确。但在一些疑难、复杂的医疗纠纷中，必须经过专门技术鉴定方可确定因果关系。

第二，医疗机构不存在医疗过错。医疗机构如果要免除自己承担的侵权责任，就要证明自己在诊疗过程中不存在医疗过错。有的学者在这方面已经作了一些探索和研究，是值得借鉴和参考的。即医疗机构证明自己没有医疗过错的途径表现为：

1、损害结果属于医疗意外。医疗意外是指医疗机构无法预料的原因造成的损害后果或医疗机构确实无法避免医疗损害结果；

2、出现了难以预料的并发症。这种“并发症”必须是难以预料和难以避免时，才可以成为免责的条件；

3、病员及其家属不配合治疗。如果病员及其家属不配合治疗是造成损害后果的全部原因，则可以免除医疗机构的赔偿责任；如果病员及其家属不配合治疗只是损害后果的出现的原因之一，医疗机构也有过失时，应依过失相抵的原则，由双方分担责任。