公章备案和不备案主要有以下区别：

一、是否具备法律效应

企业公章是企业身份和权力的证明。公章需备案并加盖企业公章后方具有法律效力。同时也意味着企业对文件内容承担法律责任。公章未归档，即使加盖公章也不具有法律效力。

二、是否会得到公安局的授权证明

公章备案后，由公安局出具证明，证明公章是合法取得的。未加盖公章的，公安局不予批准。

三、是否能规避法律风险

企业印章未备案或被他人盗用、冒用，可能带来企业不能承担的不必要的纠纷和责任。如果提交了申请，可以寻求法律保护。

公司工商备案公章与实际使用公章不一致，如何处理

实践中，有的公司有两套以上的公章，在工商部门登记备案的公章与实际使用的公章不一致，在签订合同时用实际使用的公章，如发生纠纷，就主张签订合同的公章是虚假的，与工商登记备案的公章不一致。法院审判实务认为，这种行为是违反行政管理规定的行为，应当受到行政处罚。但就民事行为的效力而言，只要有证据证明签订结算协议书时加盖的公章就是该公司实际使用的公章，即使与备案公章不一致，对公司也具有法律约束力。结算协议的另一方只需通过举证证明签订施工合同与签订结算书使用的是同一公章或者该公司在其他实际履行的协议中也使用了该公章即完成了举证责任。

《印章治安管理办法》第五条禁止任何单位和个人买卖印章和非法制作、使用印章。