一、建筑工程补充合同与主合同结算单价不一致怎么办

依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》(以下简称“解释”)第21条的规定，“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”。这是“黑白合同”应当以白合同进行结算的基本原则。

应当注意的是，不是必须招投标的工程项目，但是，当事人按照招投标的程序进行了招投标，签订了施工合同并进行了备案，此后双方又签订了黑合同的，也应当适用《司法解释》第21条关于以备案合同进行结算的规定。

二、法律规定

《招投标法》第四十六条规定，“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”。

第二条规定，“在中华人民共和国境内进行招标投标活动，适用本法”。即虽然不是必须招投标的工程项目，但是，当事人进行了招投标，就适用招投标法，受招投标法的规范和调整。