补充合同与主合同结算单价不一致，由发、承包双方应依照规定与文件协商处理。法律规定，工程价款结算应按合同约定办理，合同未作约定或约定不明的，发、承包双方应依照规定与文件协商处理。

一、工程结算低于合同价怎么办

工程结算低于合同价的处理方式如下：

1、应参照施工合同的约定结算工程价款。建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持；

2、应按照定额结算工程价款。按照施工成本价进行结算，对双方均无损失，按照施工成本价据实结算是公平的，更有利于维护合同的稳定性和平衡双方利益；

3、参照合同约定结算工程款，并将合同约定价款与成本价之间的差额作为损失计入。

二、建筑工程合同结算的有关法律

工程结算是指施工企业按照承包合同和已完工程量向建设单位办理工程价清算的经济文件。

建筑工程结算的依据主要如下：1.工程量清单计价规范.施工合同.工程竣工图纸及资料.双方确认的工程量.双方确认追加或减少的工程价款.双方确认的索赔、现场签证事项及价款.投标文件.招标文件.其他依据。

三、工程竣工后必须结算吗

工程竣工后不是必须结算，通常情况下工程竣工验收、结算是不同的，竣工后不是必须结算，是一般都应该进行结算。

第一、工程竣工验收，工程竣工验收是指建设工程依照国家有关法律、法规及工程建设规范、标准的规定完成工程设计文件要求和合同约定的各项内容，建设单位已取得政府有关主管部门(或其委托机构)出具的工程施工质量、消防、规划、环保、城建等验收文件或准许使用文件后，组织工程竣工验收并编制完成《建设工程竣工验收报告》。

第二、工程结算是指施工企业按照承包合同和已完工程量向建设单位(业主)办理工程价清算的经济文件。