丧假不能扣加班工资，员工休丧假的具体操作可参考原国家劳动总局、财政部《关于国营企业职工请婚丧假和路程假问题的通知》之法律规定：

1、职工本人结婚或职工的直系亲属(父母、配偶和子女)死亡时，可以根据具体情况，由本单位行政领导批准，酌情给予一至三天的婚丧假。

2、职工结婚时双方不在一地工作的，职工在外地的直系亲属死亡时需要职工本人去外地料理丧事的，都可以根据路程远近，另给予路程假。

3、在批准的婚丧假和路程假期间，职工的工资照发，途中的车船费等，全部由职工自理

一、丧假中直系亲属的规定

1、直系亲属包括父母、配偶和子女。

2、在具体执行过程中，岳父母或者公婆过世，也列入可享受丧假的范围。对于超出这一范围的亲属，企业有自行解释权。

3、由于我国历史形成的风俗，祖辈的丧礼，孙辈一般也在必须列席的范围内，因此在实际操作中，不少单位也将祖辈去世列入职工可享受的丧假范围，具体由各企业自主认定。

加班费是延长工作时间的报酬，丧假期间，不出勤，不存在延长工作时间问题，不享有加班费。但是如果是请假之前的加班费就不能扣除，根据《工资支付暂行规定》第十一条劳动者依法享受年休假、探亲假、婚假、丧假期间，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。加班工资需要另外计算，不应抵消。

根据《劳动法》第四十四条有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

(一)安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；

(二)休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬

(三)法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。