申请人在对司法鉴定书进行质证时，仅表示对真实性没有异议，对内容是否有异议并没有明确表态司法鉴定书内容部分并没有经过当事人质证程序，根据《中华人民共和国民事诉讼法》规定，未经质证的证据不能作为定案的依据，法院采纳程序违法。

司法鉴定程序违法的处理办法

未取得《司法鉴定许可证》擅言设立司法鉴定机构或擅自面向社会开展司法鉴定的，由登记管理机关给予警告。并责令改正；逾期不改的，予以取缔；有违法所得的，处违法所得l倍以上3倍以下的罚款，但最高不得超过人民币3万元；构成犯罪的，依法追究刑事责任。