一、长期工作两个月后离职是否会扣除工资

长期工作两个月后离职是不会扣除工资的。

劳动者依法享有取得报酬的权利，用人单位应当按照双方签订劳动合同的工资向劳动者支付劳动报酬，并且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

《中华人民共和国劳动法》第三条

劳动者享有平等就业和选择职业的权利、取得劳动报酬的权利、休息休假的权利、获得劳动安全卫生保护的权利、接受职业技能培训的权利、享受社会保险和福利的权利、提请劳动争议处理的权利以及法律规定的其他劳动权利。

《工资支付暂行规定》第九条

劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。

二、辞职的程序

辞职离职的一般程序：

1．提前1个月提交辞职请求；

2．员工主管与辞职员工积极沟通；

3．辞职申请表经各级领导签署意见审批；

4．员工辞职申请获准，办理离职移交手续。

《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条

劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。

三、辞职可以申领失业金吗

辞职不可以领失业保险金。只有那些非因劳动者本人意愿中断就业的，才有获得保险金的可能。再者对于被单位辞退、但是却没有再次求职意愿的，也不能领取事业保险。

《中华人民共和国社会保险法》第四十五条

失业人员符合下列条件的，从失业保险基金中领取失业保险金：

（一）失业前用人单位和本人已经缴纳失业保险费满一年的；

（二）非因本人意愿中断就业的；

（三）已经进行失业登记，并有求职要求的。

《中华人民共和国劳动法》（2018修正）：第一章　总　　则　　第三条　劳动者享有平等就业和选择职业的权利、取得劳动报酬的权利、休息休假的权利、获得劳动安全卫生保护的权利、接受职业技能培训的权利、享受社会保险和福利的权利、提请劳动争议处理的权利以及法律规定的其他劳动权利。\n劳动者应当完成劳动任务，提高职业技能，执行劳动安全卫生规程，遵守劳动纪律和职业道德。