一是延长了抵扣期限。按照规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票、机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内办理认证，并在认证通过的次月申报抵扣;实行先比对后抵扣管理办法的一般纳税人，应在海关进口增值税专用缴款书开具之日起180日内报送《海关完税凭证抵扣清单》申请稽核比对;未实行此管理办法的，应在开具之日起180日后的第一个纳税申报期结束以前，申报抵扣。企业的财务及相关人员应牢记“180日”这一抵扣期限，按照要求完成认证、申报等抵扣工作，避免由于自身原因无法在规定期限内完成认证和申报抵扣，给企业造成不必要的损失。

二是强调了抵扣超时的税务处理。根据规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具抵扣凭证，未在规定期限内按照上述规定办理的，不得作为合法的增值税扣税凭证，不得计算进项税额抵扣。如果纳税人未按照规定要求的期限办理增值税抵扣凭证的认证申报等抵扣事宜，则相应的进项税款不能抵扣，而应计入企业的成本费用，所造成增值税税收负担的增加将由企业自行负担。

三是再次明确了对部分抵扣凭证丢失的处理方法。增值税一般纳税人丢失已开具的增值税专用发票，应在开具之日起180日期限内，按照《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》(国税发〔2006〕156号)第二十八条及相关规定办理;丢失海关进口增值税专用缴款书的，应在开具之日起180日期限内，凭报关地海关出具的相关已完税证明，经主管税务机关将一书电子数据审核并纳入稽核系统进行比对无误后，方可允许抵扣。