1、因政策变化引起的矛盾纠纷

随着国家对农民政策扶持和惠农措施逐年加大，特别是在国家取消农业税并发放种粮补贴款后，农民从土地上获得的收益也逐年增多。但在实施惠农政策前，许多农民就将土地转包他人或以入股等方式进行流转，流转金普遍不高。

面对着现有政策对种粮农民的优惠待遇，许多将土地进行流转的农民出现反悔行为。此时，得到土地的农户或经济组织往往会出于自身利益的因素考虑，不愿意返还土地或是增加流转金数额，往往造成较为显著的矛盾冲突。

2、土地性质改变引发的矛盾纠纷

国家对基本农田保护是一贯严格并予以坚决制止随意改变用途的。但在实际中，土地流转过程中，承包人改变土地用途，破坏性流转突出。有些农户承包的土地，随着近年来城市化发展和房地产市场火爆行情，许多原有近郊甚至在公路主干道两侧的农田走向土地市场，有些承包方私自改变原有土地用途，造成土地既使在流转期到期后，无法再进行耕种。

既使已经改变性质的流转土地，有时可以通过合法手续获得通过，但往往与原土地承包方相互间补偿标准出现失衡，甚至原土地承包方在不知情的情况下土地就被转让出去，作为土地实有者却无法获得应有的补偿，引发矛盾问题。

3、集体土地流转收益不均产生的矛盾纠纷

在村集体中，往往会预留一部分机动地，包括一些村集体拥有的山林、荒滩、道路、河流等集体资源、资产，在大面积的土地流转过程中，村集体往往会获得较高的收益。由于现有村民自治制度中的权力不透明化现象在我国广大农村地区依然较为普遍，集体土地流转收益往往得不到合理的分配，造成矛盾纠纷问题的出现。

4、农民工返乡引发的土地纠纷

中国的农村土地流转自20世纪80年代始逐步加快，究其原因，除国家政策的积极调整和大力推动之外，数以亿计的农民工从农村涌向城市是另一个巨大的推动因素。但是到了2008年，国际金融危机导致大量的农民工失业返乡，其中相当一部分人面临着土地已被流转而无地耕作的窘境。

另外，在土地流转过程中，由于合同签订不明确、土地界限不明、土地调整混乱造成土地经营权证不统一等问题的存在，还由于部分基层干部缺乏对土地承包、土地流转政策法律等方面的正确认识，在具体操作过程中，难以正确执行国家的政策及法律，引发了各种土地纠纷。

根据《农村土地承包法》等相关法律规定，承包方是本集体经济组织的农户，而且县级以上地方人民政府应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。

既然村集体以家庭为一个单位发包，按成员数平等分配土地面积，那么，农户内部各成员实际上是按份享有土地承包经营权。在土地流转过程中就要把握好对权益共有人的利益保护，在土地流转过程中尤其要做好对土地主体确认，可以减少许多不必要的麻烦。

对于有些集体所有土地更要严格遵循相关法律规定，坚持以《村民委员会组织法》和《土地管理法》有关规定。对集体内部土地资源进行对外流转，要经过村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表同意，并报乡镇政府同意。

总之，在土地流转过程中，要严格遵循相关规定，作为村集体土地的流转要严格遵循相关法定程序。